Dr Arindam Ghatak fan 'e Universiteit fan Wenen hat proteomyske profilearring mei hege trochset fan' e Desiree-ierdappelferskaat útfierd om in unbiased wiidweidich byld te krijen fan 'e feroaringen yn' e ierappelproteom (de som fan alle oanwêzich proteïnen) yn antwurd op ferskate stresssituaasjes.
De planten waarden kultivearre yn in pilot eksperimint by de Tsjechyske Republyk basearre PSI, in projektpartner.
Alle aaiwiten waarden isolearre en foarfraksjonearre foar dit yngewikkelde ûndersyk foardat se fertarde en ûnderwurpen wurde oan massaspektrometry, wêrtroch de deteksje fan hûnderten ferskillende aaiwiten yn ien stekproef mooglik makket en, boppedat, de kwantifikaasje fan har oerfloed. De Proteome Discoverer-software waard doe brûkt om de sammele gegevens te analysearjen (Thermo, Dútslân). De aaiwiten waarden identifisearre mei de Solanum ynterne curated databank (generearre troch NIB Institute, Ljubljana, Sloveenje).
Fan rispinge 1 (ien dei nei stress) en rispinge 3 yn totaal, waarden 10341 aaiwiten fûn (8 dagen nei stress). Yn rispinge 1 wie de wetteroerlêst wêr't de heechste proteommodulaasje waard sjoen. Hjir, aaiwiten belutsen by sinjalearring, lipide metabolisme, en RNA-bining toande ferhege aktiviteit yn ferliking mei kontrôles. Lykas, tidens waarmte-stress yn ferliking mei kontrôles, waarden proteïnen belutsen by fotosynteze en sekundêr metabolisme ferhege, wat it meganisme fan 'e stress-antwurd fan' e proteome iepenbiere.
Yn oerienstimming mei rispinge 1 liet rispinge 3 ek sjen dat wetteroerlêst, waarmte, en de kombineare effekten fan waarmte en droechte de spanningen wiene dy't de sterkste proteomregulaasje identifisearren. Yn ferliking mei kontrôles en oare stressen waard 14-3-3-sinjalearring ferhege ûnder de wetterlogging-stress, dy't ynfloed hat op proteïnen klassifisearre as hearrend ta de funksjonele kategory fan enerzjymetabolisme.
"Op grûn fan 'e foarriedige identifikaasje hawwe wetteroerlêst en waarmte-stress de sterkste regeling op it proteoomnivo oantoand yn ferliking mei oare spanningen. It sil lykwols nijsgjirrich wêze om te sjen nei it proteoom fan 'e herstelfase yn ferliking mei oare rispinge-tiidpunten, benammen by droechtestress. Mear data mining is oanhâldend om yngeande ynformaasje te krijen oangeande de stress-antwurdmeganismen fan planten en herstelfase yn 'e ierappelferskaat Desiree, "skreau de wittenskippers.
It Horizon 2020 EU-projekt Accelerated Development of multiple-stress tolerAnt Potato (ADAPT), dêr't Europatat oan meidocht, hat as doel nije strategyen te ûntwikkeljen om ierappels geskikt te meitsjen foar de útdaagjende groeiomstannichheden fan 'e takomst.
Ien fan 'e haaddoelen fan it projekt is it ûndersykjen fan morfologyske, fysiologyske, biogemyske en molekulêre feroaringen fan ierappels yn reaksje op ienige en kombineare stress fan waarmte, droechte en wetterlogging troch it tapassen fan fenotyping en OMICS-technologyen mei hege trochset (genomics, transcriptomics, proteomics, of metabolomics).
In boarne: https://www.potatobusiness.com